به جرائم مربوط به وظایف خاص نظامی و انتظامی اعضای نیروهای مسلح به‌جز جرائم در مقام ضابط دادگستری در سازمان قضائی رسیدگی می‌شود.
تبصره ۱ـ رسیدگی به جرائمی که امام خمینی (ره) و مقام معظم رهبری اجازه فرموده‌اند در دادگاه ها و دادسراهای سازمان قضائی نیروهای مسلح رسیدگی شود، مادامی که از آن عدول نشده در صلاحیت این سازمان است.
براساس اجازه مقام معظم رهبری مدظله‌العالی که به موجب نامه دفتر معظم‌له به شماره ۱۳۷۵۲/۱/م مورخ ۲۱/۵/۱۳۹۹ ابلاغ شده و نامه ریاست محترم قوه قضاییه به شماره‌ی ۱۰۰/۸۷۲۲۱/۹۰۰۰ مورخ ۱۴/۵/۱۳۹۹ صلاحیت‌های رسیدگی سازمان قضایی نیروهای مسلح در پنج بند به شرح زیر توسعه یافته است:
«۱ـ کلیه جرایم امنیتی مرتبط با خدمت برای نیروهای مسلح، از ناحیه کارکنان قراردادی و یا کسانی که به طور موقت در خدمت نیروهای مسلح، سازمان‌ها، مؤسسات و شرکت‌های وابسته که مشمول مقررات نیروهای مسلح نیستند.
۲ـ جرایم مرتبط با اطلاعات طبقه‌بندی‌شده نیروهای مسلح، از ناحیه اشخاصی که به صورت مستقیم یا غیرمستقیم نسبت به تأمین تجهیزات و تسلیحات نیروهای مسلح همکاری دارند.
۳ـ جرایم امنیتی کارکنان نیروهای مسلح، مرتبط با زمان اشتغال تا پنج سال پس از پایان خدمت.
۴ـ کلیه جرایم مرتبط با سلاح و مهمات توسط کارکنان شاغل در نیروهای مسلح.
۵ ـ جرایم مرتبط با انجام وظایف خاص حفاظتی و انتظامی کارکنان یگان‌های حفاظت دستگاه‌های اجرایی.»
تبصره ۲ـ منظور از جرائم مربوط به وظایف خاص نظامی و انتظامی، جرائمی است که اعضای نیروهای مسلح در ارتباط با وظایف و مسؤولیت‌های نظامی و انتظامی که طبق قانون و مقررات به عهده آنان است مرتکب گردند.
تبصره ۳ـ رهایی از خدمت مانع رسیدگی به‌جرائم زمان اشتغال در دادگاه نظامی نمی‌شود.
تبصره ۴ـ جرم در مقام ضابط دادگستری، جرمی است که ضابطان در حین انجام وظایف قانونی خود در ارتباط با جرائم مشهود و یا در راستای اجرای دستور مقام قضائی دادگستری مرتکب می‌شوند.