وظایف قاضی اجرای احکام کیفری عبارت است از:
الف- صدور دستور اجرای احکام لازم‌الاجرای کیفری و نظارت بر شیوه اجرای آنها
ب- نظارت بر زندانها در امور راجع به زندانیان
پ- اعلامنظر درباره زندانیان واجد شرایط عفو و آزادی مشروط مطابق قوانین و مقررات
ت – اعطای مرخصی به محکومان براساس قوانین و مقررات
ث – اتخاذ تصمیم درباره محکومان سالمند، مبتلایان به بیماریهای روانی و بیماریهای جسمی صعب‌العلاج و سایر افراد محکوم نیازمند به مراقبت و توجه ویژه، از قبیل صدور اجازه بستری برای آنها در مراکز درمانی بر اساس ضوابط و مقررات
ج- اجرای سایر وظایفی که به موجب قوانین و مقررات برای اجرای مجازات‌ها وضع شده یا بر عهده قاضی اجرای احکام کیفری یا ناظر زندان قرار گرفته است.