بودجه سازمان امور مالیاتی کشور و واحدهای استانی ذی ربط هرسال به صورت متمرکز در ردیف جداگانه ای در قوانین بودجه منظور و به طور صددرصد(۱۰۰%) تخصیص یافته تلقی می شود و جهت انجام هزینه های جاری و تملک دارایی های سرمایه ای ستاد سازمان و واحدهای استانی دراختیار سازمان مزبور قرار داده می شود.