تاریخ اجرای این قانون از اول سال ۱۳۸۱ خواهد بود و کلیه اشخاص حقوقی که شروع سال مالی آنها از اول فروردین ماه ۱۳۸۰ به بعد باشد نیز از لحاظ ترتیب رسیدگی و نرخ مالیاتی مشمول این قانون خواهند شد. از تاریخ اجرای این قانون کلیه قوانین و مقررات مغایر به استثنای احکام مالیاتی مقرر در قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در دوران برنامه مزبور و نیز ماده (۱۳) قانون چگونگی‌اداره مناطق آزاد تجاری – صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۷ /۶ /۱۳۷۴ و استفساریه مصوب ۲۱ /۱ /۱۳۷۴ قانون اخیرالذکر لغو می‌گردد. این‌حکم شامل قوانین و مقررات مغایری که شمول قوانین و مقررات عمومی به آنها مستلزم ذکر نام یا تصریح نام است نیز می‌باشد.