آراء هیأت های حل اختلاف مالیاتی بدوی قطعی و لازم الاجراء است. مگراین که ظرف مدت بیست روز از تاریخ ابلاغ رأی براساس ماده(۲۰۳) این قانون و تبصره های آن به مؤدی، از طرف مأموران مالیاتی مربوط یا مؤدیان مورد اعتراض کتبی قرار گیرد که در این صورت پرونده جهت رسیدگی به هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر احاله خواهد شد. رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر قطعی و لازم الاجراء می باشد.
تبصره ۱- مؤدی مالیاتی مکلف است مقدار مالیات مورد قبول را پرداخت و نسبت به مازاد برآن اعتراض خود را در مدت مقرر تسلیم کند.
تبصره ۲- نمایندگان عضو هیأت های حل اختلاف مالیاتی نباید قبلاً نسبت به موضوع مطروحه اظهار نظر داشته یا رأی داده باشند.
تبصره ۳- در صورتی که رأی صادره هیأت بدوی از سوی یکی از طرفین مورد اعتراض تجدیدنظر خواهی قرارگرفته باشد در مرحله تجدیدنظر فقط به ادعای آن طرف رسیدگی و رأی صادر خواهد شد.
تبصره ۴- آراء قطعی هیأت های حل اختلاف مالیاتی به استثناء مواردی که رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی بدوی با عدم اعتراض مؤدی یا مأمور مالیاتی مربوط قطعیت می یابد برابر مقررات ماده (۲۵۱) این قانون قابل شکایت و رسیدگی در شورای عالی مالیاتی خواهد بود.
تبصره ۵- سازمان امور مالیاتی کشور اجازه دارد شکایت کتبی مؤدیان مالیاتی از آراء هیأت های حل اختلاف مالیاتی صادره تا تاریخ تصویب این ماده که در مهلت قانونی به مرجع مالیاتی ذی ربط تسلیم شده است را یک بار به هیأت های حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر به منظور رسیدگی و صدور رأی مقتضی احاله نماید.
تبصره ۶- در مواردی که شکایت مؤدیان مالیاتی از آراء هیأت های بدوی از طرف هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر رد شود و همچنین شکایت از آراء هیأت های تجدیدنظر از طرف شعب شورای عالی مالیاتی مردود اعلام شود، برای هر مرحله معادل یک درصد(۱%) تفاوت مالیات موضوع رأی مورد شکایت و مالیات ابرازی مؤدی در اظهارنامه تسلیمی، هزینه رسیدگی تعلق می گیرد که مؤدی مکلف به پرداخت آن خواهدبود.