مرجع رسیدگی به کلیه اختلاف‌های مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش‌بینی شده، هیأت حل اختلاف مالیاتی است. هر هیأت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل خواهد شد:
۱ – یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور.
۲ – یک نفر قاضی اعم از شاغل یا بازنشسته با شرط وثاقت و امانت. در صورتی که قاضی بازنشسته واجد شرایطی در شهرستانها یا مراکز استانها وجود نداشته باشد بنا به درخواست سازمان امور مالیاتی کشور، رئیس قوه قضائیه یک نفر قاضی شاغل را برای عضویت هیأت معرفی خواهد نمود. (اصلاحی ۱۳۹۹/۹/۵)
۳ – یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی و صنایع و معادن یا اتاق تعاون یا جامعه حسابداران رسمی یا مجامع حرفه‌ای یا تشکل‌های صنفی یا شورای‌اسلامی شهر به انتخاب مؤدی در صورتی که برگ تشخیص مالیات ابلاغ قانونی شده باشد و یا همزمان با تسلیم اعتراض به برگ تشخیص در مهلت قانونی مؤدی انتخاب خود را اعلام ننماید سازمان امور مالیاتی باتوجه به نوع فعالیت مؤدی یا موضوع مالیات مورد رسیدگی از بین نمایندگان مزبور یک نفر را انتخاب خواهد کرد.
تبصره ۱ – جلسات هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی با حضور سه نفر رسمی است و رأی هیأت‌های مزبور با اکثریت آراء قطعی و لازم‌الاجرا است، ولی‌نظر اقلیت باید در متن رأی قید گردد.
تبصره ۲ – اداره امور هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی و مسؤولیت تشکیل جلسات هیأت‌ها به عهده سازمان امور مالیاتی کشور می‌باشد و حق‌الزحمه اعضاء هیأت‌های حل اختلاف براساس آیین‌نامه‌ای که بنا به پیشنهاد سازمان امور مالیاتی کشور به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی خواهد رسید از‌محل اعتباری که به همین منظور در بودجه سازمان مذکور پیش‌بینی می‌شود قابل پرداخت خواهد بود.