وظایف و اختیارات شورای عالی سازمان به شرح زیر است:
الف – تصویب آیین‌نامه‌های اجرایی که طبق این قانون به آن محول شده است.
ب – اتخاذ تصمیم درباره خط مشی و سیاست کلی تأمین اجتماعی به پیشنهاد هیأت مدیره.
ج – رسیدگی به بودجه و گزارش مالی و ترازنامه سازمان و تصویب آن.
د- تعیین حقوق و مزایای اعضاء هیأت مدیره پس از تأیید شورای حقوق و دستمزد و تعیین حق‌الزحمه حسابرس (بازرس) و تعیین حق حضور‌اعضای انتخابی شورای عالی.
ه – تصویب خرید یا فروش اموال غیر منقول.
و – اتخاذ تصمیم در مورد بخشیدن بدهی کارفرمایانی که بدهی آنها از بیست هزار ریال کمتر بوده و به تشخیص هیأت مدیره قادر به پرداخت آن‌نمی‌باشند.
کارفرمایانی که به عللی قادر به پرداخت حق بیمه معوقه نباشند و یا پرداخت بدهی به طور یکجا خارج از حدود قدرت مالی کارفرما و موجب تعطیل و‌یا وقفه کار کارگاه باشد شورای عالی می‌تواند به پیشنهاد هیأت مدیره کارفرما را از پرداخت تمام یا قسمتی از خسارات مقرر در این قانون معاف دارد‌همچنین ترتیبی برای تقسیط بدهی با رعایت مهلت کافی بدهد.
ز – اتخاذ تصمیم در سایر اموری که رییس شورای عالی طرح آنها را در شورای عالی لازم تشخیص دهد.
تبصره ۱- وظایف و اختیارات شورای عالی تأمین اجتماعی موضوع ماده ۳ قانون حمایت کارمندان در برابر اثرات ناشی از پیری و ازکارافتادگی و‌فوت عینا به شورای عالی تأمین اجتماعی موضوع این قانون محول و شورای مذکور منحل می‌شود.
تبصره ۲- هر گاه هر یک از اعضاء شورای عالی استعفا یا فوت کند یا بیش از ۳ جلسه متوالی بدون عذر موجه غیبت نماید جانشین او برای بقیه‌مدت مقرر به نحو مذکور فوق انتخاب خواهد شد. تشخیص عذر موجه با رییس شورای عالی است.